En novembre 2003, le Réseau "Sortir du nucléaire" révèle que Stéphane Llhomme détient un document confidentiel défense issu d'EDF qui reconnaît que, contrairement à ce que prétendent les autorités françaises, le réacteur français EPR n'est pas conçu pour résister à un crash d'avion de ligne (voir notre dossier Document confidentiel défense). Ce document a été évoqué à de nombreuses reprises dans la presse, et a jeté le trouble sur le débat public officiel organisé en 2005 et 2006 sur le réacteur EPR : la Commission nationale du débat public a même censuré la contribution de "Sortir du nucléaire" qui évoquait le fameux document.
En mai 2006 et mars 2008, Stéphane Lhomme, porte-parole du Réseau "Sortir du nucléaire", a été placé en garde à vue par la DST (aujourd'hui DCRI), sur réquisition du Parquet de Paris... section antiterroriste.
Accusé de "compromission du secret de la défense nationale", alors qu'il n'a fait que son devoir de citoyen, Stéphane Lhomme risque 5 ans de prison et 75 000 euros d'amende .
Depuis novembre 2003, Stéphane Lhomme était donc visé par une enquête "préliminaire" bien curieuse puisqu'elle courrait... depuis plus de 5 ans : une durée tout à fait hors norme. Les conséquences principales de ce "sur-place" judiciaire était l'impossibilité d'accéder au dossier et le fait de garder sur la tête une "épée de Damoclès" de 5 ans de prison.
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